获得土地的方式不同，经济适用房建设用地实行行政划拨，免交土地出让金；商品房采用出让方式须交纳土地出让金；成本结构不同；租售政策不同，经济适用房只售不租，商品房不受限制；购买条件和对象不同，经济适用房享受政府优惠，其购买对象是特定的，只供给城镇中低收入家庭，因而要实行申请审批制度，商品房购买对象和条件不受限制；价格政策不同经济适用房出售实行政府指导价，不得擅自提价出售。商品房出售价格完全由市场决定。 居民个人购买的经济适用房产权归个人； 房屋的产权分四部分：使用权、占有权、处置权和收益权，与商品房相比经济适用房的产权只在收益权上与它们不同。商品房上市出售后，收益全部归个人所有。

两者合同条款的区别在于：土地的性质，商品房的土地是出让性质，经济适用房是划拨性质。商品房土地是70年的使用年限，经济适用房土地不显示土地使用年限。其他条款都一样，将来房本上会显示是经济适用房，将来经济房上市交易时会有一些政策限制，不做2手房买卖的话，同商品房没有任何区别。

经济适用房合同明确标注，经济适用住房取得后一般5年内不得转让。 商品房合同可以买卖，不受限制。区别就在于其买卖的性质。 1、概念。经济适用住房是指以中低收入家庭为供应对象，享受税费减免政策，住房价值相对市场价是“适中”的，能够适应中低收入家庭的承受能力，在住房设计及其建筑标准上强调住房的使用效果和建筑质量，“适合”居住，具有社会保障性的商品住房。而商品房是指具有经营资格的房地产开发公司开发经营，完全按市场规律运作的住宅。 2、价格。经济适用住房的销售对象是广大中低收入者，所以确定经济适用住房售价时，既要考虑中低收入家庭的经济承受能力，使职工能够买得起，又要兼顾国家补助能力。因此经济适用住房售价实行政府指导价，即按保本微利的原则，由建设资本加上3％的开发建设利润确定。政府不仅在经济适用住房建设中给予用地、计划、规划、建设、资金等方面的政策扶持，而且给予一定的税费减名政策，使得经济适用住房能以“适中”的价格出售。能真正适合中低收入家庭。而商品房价格却完全“随行就市”。 3、质量。经济适用房以经济适用为出发点，突出“实惠”二字。因此，经济适用住房建设要体现适用、美观的原则，使用功能要满足居民的基本生活需要。在功能上要齐全，室内生活必需的设施要有，厅房要齐全；在面积上还要考虑到各地经济发展水平、住房水平、居民生活习贯有很大差别。以市场接受为前提，因地制宜地制定经济适用住房的面积标准。商品房则不然，大户型、实用性、装饰性和功能分区明确是商品房设计理念中的核心。 4、权利。由于经济适用房建设用地实行国家统一划拨制，享受免征地土出让金等各种优惠措施，使得建设成本明显低于商品房。因此，经济适用房的房主只享有房屋占有权、房屋处分权、房屋使用权而不能享受房屋收益权，如将房屋上市交易，必须补交土地出让金及各种税费后才可上市，而商品房是完全产权，没有此项限制。

商品房的特点，如下：1、性质：商品性质，售价高低不等。2、 产权：完全产权。3、 销售许可：商品房销售许可证等五证。4、土地证：出让国有土地使用证。5、价格：企业自定，浮动空间大。6、建设标准：企业自定。7、规划设计：招投标或议标。8、开发建设：招投标或议标。9、工程监理、验收入住：按国家规定。10、工程质量：《建筑工程质量许可证》、《住宅质量保证书》、《住宅使用说明书》。11、物业管理：按国家规定，偏高，服务附加项目多。12、抵押贷款：按规定，视情况不同而定。经济适用房的特点，如下：1、性质：微利商品房，售价低。2、产权：不完全产权。3、销售许可：经济适用住房销售证等五证。4、土地证：划拨国有土地使用权证及政府批准的年度计划。5、价格：政府限价，浮动空间不大。6、建设标准：户型、面积、档次等具有政府指导性。7、规划设计：招投标。8、开发建设：招投标（不得转包）。9、工程监理、验收入住：按国家规定。10、工程质量：《建筑工程质量许可证》、《住宅质量保证书》、《住宅使用说明书》。11、物业管理：同普通商品房，偏低，保证基本服务。12、抵押贷款：可以。